Mårdhunden är en så kallad invasiv art, en art som sprider sig från sitt ursprungliga område till nya områden där den inte har några naturliga fiender. I den nya livsmiljön kan de snabbt etablera sig och bilda stora populationer. Mårdhunden äter stora mängder bytesdjur som fåglar och groddjur. I områden med många mårdhundar kan därför fågellivet och groddjuren bli hotade.
Mårdhunden är internationellt sett en stor spridare av smittor som rabies, rävens dvärgbandmask (Echinococcus multilocularis) och hundens dvärgbandmask (Echinococcus granulosus).
I Sverige övervakar SVA förekomsten av dvärgbandmask hos vilt. Mårdhundar som kommer in för obduktion undersöks inom ramen för det så kallade mårdhundsprojektet (Svenska Jägareförbundet). Ett urval av dessa undersöks avseende dvärgbandmask och rabies. Hittills har inga av de undersökta djuren varit smittat med vare sig rabies eller dvärgbandmask.
I Finland bedrivs en aktiv jakt på mårdhunden för att minska risken att den bidrar till en ökad spridning av smittorna om de kommer in i Finland.