Större utbrott av smittsamma sjukdomar bland djur eller människor kan innebära stora belastningar på sjukvård och livsmedelsförsörjning. Målet med det nya projektet är att snabbt kunna tolka dna-sekvensen hos smittämnen vid livsmedelsburna och zoonotiska sjukdomsutbrott för att minska skadorna i samhället.
– När smitta sprids i livsmedelskedjan, bland djur eller i foder, vill man snabbt kunna säga varifrån den kommer. Är den importerad eller kommer den från Sverige? Brukar den finnas hos ett särskilt djurslag, brukar den orsaka sjukdom? Är bakterien naturligt förekommande, eller är det kanske någon som avsiktligt spridit den? säger Robert Söderlund, som är projektledare för studien.
Ska ta fram gemensamma metoder
När det sker ett utbrott av ett smittsamt ämne blir ofta flera myndigheter inblandade i utredningar om orsaken. Komplexa datamängder från olika källor ska kombineras, men hur analyserna ska genomföras och tolkas är inte alltid givet. Krisberedskapsprojektet ska därför ta fram gemensamma metoder och verktyg för att myndigheterna samstämmigt ska kunna uttala sig objektivt om utbrottet och därmed korta startsträckan för agerande. I detta tvååriga pilotprojekt samarbetar SVA med Livsmedelsverket, Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI) samt Nationellt forensiskt centrum (NFC) inom Polisen.
– Det känns bra! Det är ett stort projekt och mycket pengar, men också kreativt och nyskapande. Jag ser fram emot att jobba med tekniken och det matematiska i detta, säger Robert Söderlund.
Variationer i arvsmassan ska ge svar
På senare år har nya metoder för att ta fram genetiska data revolutionerat smittspårningsarbetet. I dag kan variationer i arvsmassan användas som ett "fingeravtryck" som kan knyta en smittkälla till ett fall av infektion. De deltagande myndigheterna samlar kontinuerligt in data från sjukdomsutbrott som orsakas av livsmedelburna och zoonotiska smittämnen, samt från populationer av mikroorganismer som kan orsaka utbrott. När "nya" smittämnen jämförs med det befintliga materialet kan avvikelser i generna till exempel visa om liknande varianter förekommit tidigare i Sverige, om de förknippas med särskilda smittkällor eller smittvägar.
– Sverige är duktiga på att samla och organisera data. Så vi har bra förutsättningar att komma långt med det här projektet. Vi på SVA har jobbat med sekvensering av hela arvsmassan i mikroorganismer i flera år och det är en förutsättning för att vi ska kunna leda projektet, säger Robert Söderlund.
