Utveckling av en ny anrikningsmetodik för att detektera vattenburna virus

Utveckling av en ny anrikningsmetodik för att detektera vattenburna virus

Bakgrund

Virus finns närvarande i alla typer av vatten. Majoriteten är icke patogena och påverkar inte vattenkvaliteten. Det finns dock ett flertal virus som kan orsaka sjukdom. För närvarande saknas standardiserade metoder för att påvisa virus i vatten. Molekylära metoder så som Polymerase Chain Reaction (PCR) har alltmer blivit en central del av mikrobiell diagnostik vid detektion av virus i vatten (avloppsvatten, råvatten och dricksvatten). Med denna metod påvisas arvsmassa hos virus som kan bestå av antingen DNA eller RNA. Anrikning är ett nödvändigt steg för att möjliggöra analys av virus i vatten. Provet koncentreras för att samla viruspartiklarna i en mindre volym. Därigenom ökar sannolikheten för att hitta dem i efterföljande analyssteg. Idag sker anrikningen normalt via filtrering i flera steg. En koncentrering av virus i vattnet genom filtrering medför en ansamling av andra substanser i vattnet som kan bryta ner DNA/RNA eller störa PCR-analysen, så kallade inhibitorer.

Syfte/metod

Projektet syftade till att utveckla en enkel, robust och känslig metod för att detektera virus i vatten. Speciellt fokus har legat på anrikningen av DNA/RNA från virus. Genom att använda en nyutvecklad metodik så kan specifikt DNA och RNA från virus fiskas ut från provet och därmed eliminera problemet med inhibitorer som stör PCR-analysen. Metoden bygger på att med hjälp av korta komplementära DNA strängar, sk prober, binda upp specifik DNA/RNA från virus. Proberna är fästa till magnetkulor, och med hjälp av en magnet så kan magnetkulor med DNA/RNA isoleras från provet.

Resultat/nytta

Anrikningsmetoden har testats på Adenovirus och visat sig fungera väl för koncentrering av dess DNA ifrån avloppsvatten. Vatten från Henriksdals reningsverk analyserades efter olika reningssteg och Adenovirus kunde anrikas och detekteras i fallande mängd innan den avslutande sandfiltreringen men ej i vattnet som släpptes ut i Mälaren. Metoden är för närvarande under utveckling för RNA-virus.

Slutsats

Med hjälp av den nya anrikningsmetoden så möjliggörs PCR-baserad detektion av virus i komplexa provmaterial så som avloppsvatten. Metoden som är anpassningsbar för olika mikroorganismer har med framgång även använts för att påvisa flera vattenburna humanpatogena parasiter.