Myndighetens uppgifter är viktiga såväl när det gäller krisberedskap under normala förhållanden som för insatser under höjd beredskap. Regeringen har, alltsedan beslut fattades år 2016 om att återuppbygga det civila försvaret, successivt preciserat SVA:s uppdrag inom detta område. Det gäller exempelvis planering för stöd till Försvarsmakten vid höjd beredskap, att stärka arbetsformerna för samverkan som möter höga krav på sekretess vid höjd beredskap, samt planering för att kunna verka från en alternativ ledningsplats. SVA har tillsammans med Jordbruksverket och Livsmedelsverket utrett förutsättningarna för livsmedels- och dricksvattenförsörjning inom det civila försvaret. Rapporten Livskraft – mätt och frisk överlämnades till regeringen under våren 2020 och myndigheterna arbetar nu vidare för att genomföra förslagen i rapporten. I sina budgetunderlag till regeringen (budgetäskanden) – nu senast för perioden 2023 – 2025, föreslås ytterligare stora tillskott för att etablera en robust livsmedels- och dricksvattenförsörjning, även vid höjd beredskap.
Ett exempel på fredstida kriser är att SVA under åren 2020 - 2022 har ställt om delar av sin verksamhet för att stötta den humana hälso- och sjukvården i hanteringen av covid-19-pandemin. SVA har aktiverat sin beredskapsplanering och pandemiplan. Myndigheten har tagit fram en metod för analys av covid-19-sjukdom och tillhandahåller även antikroppstest, samt testning av desinfektionsmedels förmåga att avdöda Sars-cov-2-viruset. Vidare har SVA tagit fram provtagningskit för PCR-analys av covid-19. Därutöver medverkar forskare vid SVA även i internationella projekt för att ta fram ett vaccin och ett antiviralt läkemedel mot covid-19. SVA har bistått Folkhälsomyndigheten med epidemiologisk expertis under pandemin.
SVA:s erfarenheter från fredstida kriser ligger till grund för planeringen och uppbyggnaden av myndighetens del i det civila försvaret. SVA har kunnande och förmåga att bidra till samhällets behov inom dels livsmedelsförsörjning, dels hälsa och sjukvård.
SVA är vidare ett riksintresse för totalförsvaret, samt utgör ett skyddsobjekt. Detta innebär bland annat att hänsyn ska tas till SVA i planfrågor inom region och kommun samt att särskilda regler gäller för tillträde och avbildning av lokalerna. SVA deltar också i den övningsverksamhet rörande totalförsvaret som intensifierats under de senaste åren.