Till startsidan för Statens veterinärmedicinska anstalt

METASTAVA – ett One Health EJP-projekt

Publicerad 2018-10-18

METASTAVA-projektet syftar till att standardisera ochvalidera metoder för metagenomisk sekvensering av livsmedelsburna zoonoser,antimikrobiell resistens och andra organismer med potentiellt sjukdomsframkallandeförmåga.

Metagenomisk sekvensering innebär att allt RNA och DNA i ettprov kartläggs och sedan matchas mot information i databaser. Denna analysmetodanvänds i ökande utsträckning för att identifiera möjliga orsaker tilloförklarade sjukdomsutbrott, för att komplettera resultat från traditionelldiagnostik och att för att studera vilken roll grupper av mikroorganismer ochvirus kan ha ur ett sjukdoms- eller hälsoperspektiv.

Men metodiken är ännu inte standardiserad och validerad, vilketkrävs för att den ska kunna användas för rutindiagnostik vid veterinär- ochhumanmedicinska laboratorier.

METASTAVA ska utvärdera i vilken utsträckning det kan varamöjligt att använda metagenomisk sekvensering i rutindiagnostik. Det kommer attske genom riktade insamling av referensdata och referensmaterial, genom attgenerera fokuserade valideringsdata och genom att föreslå kriterier och verktygför en robust kvalitetssäkring av metagenomiska arbetsflöden från provval tilltolkning av resultat.

De modellpatogener som kommer att användas vid utveckling avmetoder och datauppsättningar är hepatit E-virus, norovirus, zoonotiskapoxvirus, antibiotikaresistenta bakterier och Shigatoxigenic Escherichia coli (ävenkänd som Verotoxigena E. Coli, VTEC). Upplägget har koordinerats med andra forskningsinsatserinom OHEJP, till exempel COMPARE.

Projektet kommer att arbeta med följande områden:

  • Utveckla en uppsättning referensdata som är representativaför de vanligaste provtyperna av modellpatogenerna,
  • Utveckla harmoniserade arbetsflöden för att generera ochanalysera metagenomiska data som är avpassade till definierade diagnostiskatillämpningsområde för modellpatogenerna,
  • Utveckla ett valideringsprotokoll för metagenom diagnostik(inklusive kvalitetssäkring och test av robusthet).

METASTAVA sammanfattar i versaler delar av projektetsengelska titel: Standardisation and validation of metagenomics methods for thedetection of foodborne zoonoses, antimicrobial resistance and emerging threats.